Se avete visto il primo episodio della quarta stagione di Prison Break, avrete assistito anche al tanto atteso ritorno della Dr. Sara Tancredi. In questo terzo episodio, intitolato Shut Down, la gang continua la propria battaglia contro la Compagnia. Michael e il suo team hanno un solo giorno per trovare il prossimo pezzo di Scylla o rischieranno di tornare nuovamente in carcere. Mahone è alla ricerca di vendetta verso Wyatt, che nel frattempo è sulle tracce di Sara. Inoltre, T-Bag riesce a farsi una nuova identità e accetta una proposta di lavoro per far funzionare la sua copertura.
Durante questa stagione, aspettatevi una collaborazione tra T-Bag e Gretchen, attualmente sotto tortura; il libro sugli uccelli di Whistler diventa parte integrante della storia e – entro i November Sweeps, ovvero uno dei due momenti più importanti della stagione televisiva americana – Michael viene a scoprire novità serie sul suo stato di salute.